1. Chức năng, nhiệm vụ:
    a) Đầu mối xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động: Chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động phòng, chống HIV/AIDS;
    b) Phối hợp cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh, các yếu tố nguy cơ; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực HIV/AIDS;
    c) Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.
2. Cơ cấu tổ chức:
    a. Lãnh đọa khoa: 
Trưởng khoa: BSCKI. Lương Đình Dụng
    b. Số lượng cán bộ trong Khoa
    Khoa Phòng, chống HIV/AIDS có 7 cán bộ, trong đó: BSCKI: 02, CNYTCC: 01, y sỹ đa khoa: 01, Nữ hộ sinh: 01