1. Chức năng, nhiệm vụ:

a) Đầu mối xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động: Chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động về phòng chống sốt rét; phòng chống ký sinh trùng, côn trùng truyền bệnh, bệnh do ký sinh trùng, bệnh truyền qua côn trùng; hóa chất và chế phẩm diệt côn trùng, diệt khuẩn dùng trong lĩnh vực gia dụng và y tế; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực ký sinh trùng và côn trùng.

b) Phối hợp cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh, các yếu tố nguy cơ; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan.

c) Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.

2. Cơ cấu tổ chức:
    a. Lãnh đạo khoa: 
Phụ trách khoa: BSCKI. Lương Tiến Hùng
    b. Số lượng cán bộ trong Khoa
    Khoa Ký sinh trùng và Côn trùng có 7 cán bộ, trong đó: Sau Đại học: 02, Đại học: 03, Cao đẳng: 02